河道管理是区水务局重点工作，区境内从管理上划分为市管河道、区管河道和乡管河道，其中区管河道12条约129km。近年来，针对河道污染的具体情况，区水务局下大力对全区河道进行了集中整治：旱河、马草河、小龙河主要排污口截完；丰草河截污工程正式施工；水衙沟截流工程逐步完成，卢沟桥污水处理厂和吴家村污水处理厂已投入运行。河东河道230个排污口已截污190个，其余40个正在协调排水集团逐步截污，目前丰台区污水处理率已达60%，污水处理率明显提高。
