3.2 制定治污方案，实施河道整治
南沙河水系位于北京市上风上水地带，随着中关村科技园区和海淀北部地区的建设与发展，南沙河的河道功能也发生了相应的改变，当年单纯以防洪和扩大农田灌溉面积为目的的治河思路已经不能适应当前的发展。海淀区水务管理部门针对当前的水污染状况，应当迅速摸清污染源的各项指标，根据污染源的不同情况制定不同的方案，利用生物修复技术处理污水，建立水生态系统，还南沙河水清岸绿的本来面貌。
3.2.1 生态治污
对南沙河河道断面的生态和景观进行改造，根据水质在河道中有选择的种植水生植物，构建稳定的河道水生态系统。2006年，又对六里屯、亮甲店等村生活污水及北安河北沟、柳林河、秀山小区等20处沟渠、点源进行了生态治理，利用生物曝气池及生态处理方法，对造成南沙河直接污染的主要污染源截污治污，取得了不错的效果。
3.2.2 实施水循环工程
采用提升泵站、曝气系统等技术，让上庄水库内水流动起来，变“静水”变为“动水”。水循环量达7万m3/d。
实施稻香湖湖水循环工程，修建引水渠、提水泵站、输水渠道及渠系交叉建筑物，渠内种植多种水生植物。打造生态河道12km，增加蓄水130万m3。
3.2.3 支流治理
治理“五一”渠长度5.2km，工程主要内容包括：扩宽河区、河道清淤；拆除旧有桥、闸等建筑物7座；新建交通桥2座，闸桥1座，240m长箱涵1处，以及河道护砌、河岸两侧绿化美化等。
治理上庄后河，范围自皂甲屯进村桥头至下游进入上庄水库的水塘。清淤美化河道1.4km，铺设人行道，并建拱桥1座、桥涵1座、路涵3处。改善了周边荒芜、脏乱的环境，与稻香湖景区绿色空间环抱的整体格局融为一体，组成整个稻香湖水域连动相依的优美生态环境。
3.2.4 河道保洁
成立水上打捞队，组成水面、陆地两个作业组，对重点河段、重点时期的河道保洁工作做了细致的安排。根据河道流经的村庄划分责任地段，制定安全管理制度，保障日常清理与维护。在河道两岸新立警示牌，发放倡议书1000多份，并将发放的倡议书的详细情况以表格的形式记录备案。