为确保凉水河水环境管理机构正常行使职能，必须依据《水法》等有关法律法规进行流域性法规建设，建立一系列规章制度，最基本的制度应当包括管理机构工作制度、规划实施制度、截污督查制度和资金统一管理制度。
管理机构工作制度须明确管理机构成员各自的职责范围，管理机构的工作安排，有督查指导、有整改要求、有审核追究。
规划实施和截污工作是两项重点工作，必须专门建立切实可行的制度确保落实。针对复杂疑难问题，可建立专家会诊或现场办公制度；对于职责明确的具体工作，可建立责任追究制度。
