密云水库70%的污染来自水库上游的面源污染。密云水库上游主河道两侧的稻田是最直接的面源污染源,需要调整农业种植结构减少化肥使用量。2004~2005年,在密云水库上游白河沿线的延庆县千家店镇和怀柔区宝山寺镇,对400多hm2水稻田进行了种植结构调整,采取退稻、“三禁”(禁栽水稻、禁施化肥、禁用农药)措施,每年可减少化肥使用量243 t。在密云水库上游退耕还林还草9300hm2,营造水保1700hm2。