微生态营养学最早是在动物营养理论中提出来的，是针对微生态营养在动物饲料添加中应用的一门分支学科。但是，实际上微生态营养学是研究微生物群—生物宿主—营养三者相互关系的学科，是将微生态学与营养学的相互渗透和融合，并不局限于动物营养研究。其生物宿主可以包括人、动物和植物，即分为医学微生态营养学、动物微生态营养学和植物微生态营养学。机体正常微生物群、免疫与营养有着相互依赖、相互制约的关系，构成“微生态三角”，这实际上为微生态营养学的建立奠定了理论基础。
