【裁判理由】
一审法院认为：张×、马×与××公司签订的《商品房买卖合同》《退房退款协议书》《补充协议书》（两份）是双方真实意思表示，合同内容均未违反法律禁止性规定。双方约定按月给付4%的违约金，该违约金的约定是有条件的，是因××公司原因要求张×、马×退房而不能及时退还购房款时才承担逾期和延期退还购房款的违约责任，只有××公司不按时给付违约金和退还购房款，张×、马×才有权要房办证；从其内容和时间看，签订的三份协议应属《商品房买卖合同》的补充。根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。此约定并不违反法律的禁止性规定，因此，不能因双方在商品房买卖过程中约定了违约金而认定是以合法形式掩盖非法目的的高利贷性质的民间借贷关系，××公司亦无证据证实双方之间的关系属民间借贷关系。××公司辩称和反诉主张合同无效、请求撤销备案登记，理由不充分、证据不足。
二审法院认为：本案争议焦点是《商品房买卖合同》是否有效。××公司上诉认为，本案合同并非在公平的原则下签订，以200万元的价格购买10栋别墅，此价格约定与等价有偿的诚实信用原则相悖，从价格上看显失公平；本案实为民间借贷，签订《商品房买卖合同》是以合法的形式掩盖高利贷的非法目的，合同应认定无效。但××公司直至二审期间仍未能举证证实本案合同是在违背其真实意思表示的情况下签订，亦无证据证实该合同实为借款。双方在2005年9月即签订合同，尔后，双方又对该合同进行了备案登记。之后签订的《退房退款协议书》《补充协议书1》《补充协议书2》约定了退房退款的期限，亦约定在未全部退清购房款及违约金的情况下，张×、马×有权按《商品房买卖合同》条款执行。××公司未按《退房退款协议书》约定的时间退清购房款后，按约定多次向张×、马×支付违约金，其实际上又履行了涉讼的合同、协议。故一审判决查明事实清楚，适用法律正确，予以维持。
再审法院认为：关于本案合同的性质和效力的问题。《商品房买卖合同》《退房退款协议书》《补充协议书》（两份）是双方真实意思表示，未违反法律禁止性规定。本案合同有关违约金的约定是有条件的，是因××公司原因要求对方退房而不能及时退还购房款时才承担逾期和延期退还购房款的违约责任。从本案合同的履行情况看，购方支付了购房款，双方对购房合同办理了备案登记。2006年3月28日的最后退款期限到了之后，××公司未能退款，至2007年11月5日××公司的《退回购房款计划书》仍明确为商品房买卖，并表示愿承担违约责任，合同的履行事实也表明双方的意思表示真实。因此，本案合同在主体资格，当事人的意思表示，合同内容及合同目的方面不存在违法，不能因双方在商品房买卖过程中约定了违约金而认定案涉合同是以合法形式掩盖非法目的的高利贷性质合同。合同价款的确定是当事人的商业行为，××公司作为一个具有民事权利能力和民事行为能力的公司法人、房地产开发商，对其开发的商品房销售定价理应承担责任。案涉合同和协议不存在欺诈、胁迫的情形，如显失公平和订立合同时有重大误解的，××公司亦没有依法行使撤销权。因此，××公司申诉主张案涉合同无效没有事实和法律依据。原判在认定事实、适用法律、审判程序和实体处理上是正确的，××公司的申诉理由没有事实和法律依据。
最高人民法院认为：关于案涉《商品房买卖合同》是否有效的问题。
第一，××公司提交的证据不足以证明《商品房买卖合同》与《退房退款协议书》是同一天签订。从2005年11月1日，张×出具的收条可知，虽然其记载了张×在2005年11月1日收到了××公司交付的违约金8万元，但该收条并未确认该违约金的计算是从2005年9月29日开始。单凭该违约金金额与《退房退款协议书》约定的不一致，得不出《退房退款协议书》与《商品房买卖合同》是同一天签订的必然结论。
第二，《商品房买卖合同》中关于买卖10栋商品房的约定是否违反原建设部《房屋登记办法》第十条并不能证明张×、马×与××公司不以买卖商品房为目的，仅仅是为了备案。原建设部《房屋登记办法》第十条规定，房屋应当按照基本单元进行登记。房屋基本单元是指有固定界限、可以独立使用并且有明确、唯一的编号（幢号、室号等）的房屋或者特定空间。××公司所建房屋为独体别墅，每栋都是独立单元。按照规定，每栋别墅都应当单独签订《商品房买卖合同》，办理独立产权证。但××公司并不能由此得出一份《商品房买卖合同》只能约定对一栋房屋进行买卖的结论。(https://www.daowen.com)
第三，《商品房买卖合同》约定的建筑面积1000平方米已被《商品房买卖合同补充协议书》修正为2800平方米。根据2005年10月14日签订的《商品房买卖合同补充协议书》可知，双方已确认《商品房买卖合同》中关于建筑面积平方米填错，应更正为建筑面积2800平方米。换言之，双方在《商品房买卖合同》中约定的是2800平方米别墅的总价为200万元。
第四，张×、马×将款项转到××公司法定代表人陆××个人账户，没有发票，没有交纳契税、配套费等费用等事实，只能说明张×、马×付款方式不规范，并不能证明《商品房买卖合同》虚假。
第五，××公司虽主张张×、马×以购房、付款、退房退款的方式，借给案外其他房地产开发商购房款，以获取高额利息，但对该事实是否存在，××公司并未提供充分证据证明。而且，即便该事实存在，也与本案无关，不能得出本案亦是“名为买卖实为借贷”的结论。
综上，最高人民法院认为××公司一审反诉关于确认《商品房买卖合同》无效的请求以及张×、马×撤销房屋登记备案的请求，因缺乏依据，不予支持。