（三）诊断
1.实验室检查
实验室检查是唯一的诊断条件，但首先要排除淋病，一般男性取尿道分泌物标本，也可取尿道上皮细胞、初段尿离心沉淀物。实验的结果与标本的采集有密切关系。与淋病标本采集不同，应取得黏膜柱状上皮细胞，而不是脓液，即需用力擦取。男性取尿道标本时，拭子应深入尿道2～4cm，转动拭子，并停留10～20秒；女性取宫颈标本时，应用窥阴器扩张阴道，先用一个棉球将宫颈口擦拭干净，然后用拭子插入宫颈内1～2cm，用力摩擦采取宫颈黏膜柱状上皮细胞，并停留10～20秒。分泌物越少，停留的时间应适当延长。
把分泌物涂片多形核白细胞数量作为主要的辅助诊断依据，其标准为分泌物涂片在油镜（1000倍）视野下平均每视野中多形核白细胞数＞4个为阳性。晨尿（前段尿15mL）沉淀物在高倍镜（400倍）视野下每视野平均＞15个多形核白细胞可辅助诊断。
其他如直接涂片检查、病原体培养、单克隆抗体检查、基因检测、血清学诊断等方法，有条件的地区可做进一步确诊。
2.诊断要点
可根据病史，尿道炎症状发生在感染后1～4周，淋菌镜检和培养阴性，衣原体或支原体血清学检查及培养结果，即可诊为非淋菌性尿道炎。
3.与鉴别诊断
（1）淋病
淋病潜伏期短，仅3～5天；尿道炎症状明显（尿频、尿急、尿痛及排尿困难）。尿道分泌物多，呈脓性，偶见全身症状，可查见白细胞内革兰阴性双球菌，病原体培养为淋病双球菌生长。
（2）非特异性尿道炎
非特异性尿道炎由化脓性细菌如葡萄球菌和大肠杆菌等引起的尿道炎，常由泌尿生殖系统或邻近脏器炎症的蔓延以及由做导尿和尿道探子引起的继发感染，与性接触无关。分泌物涂片找不到淋病双球菌，细菌培养为葡萄球菌或大肠杆菌生长。
4.诊断思路与误诊防范
（1）诊断思路
非淋菌性尿道炎是较常见的一种性传播疾病，在诊断过程中要认真总结病例的临床特点，按步骤有条理地进行分析诊断，一般来说应从以下几方面进行诊断。(https://www.daowen.com)
①诊断是否为性传播疾病 根据病史中的不洁性交的采集，并注意起病与不洁性交史的时间关系以判断疾病的潜伏期。
②诊断是否为尿道炎 根据患者是否有尿道炎的临床症状及体征进行诊断，必要时应借助实验室检查进行诊断。
③是否有并发症的存在 主要根据除有尿道炎的临床症状及体征外是否还存在其他的并发症的症状及体征，必要时也应进行实验室检查以协助诊断。
④病原体的诊断 在病史较符合非淋菌性尿道炎的患者应进行相应的病原体检查，包括淋球菌的镜检及培养，沙眼衣原体及解脲支原体的检查。
因此，根据以上几点对患者的病史、症状、体征及实验室检查进行逐步分析，得出正确诊断是不困难的。
（2）误诊防范
对非淋菌性尿道炎在临床诊治过程中发生误诊误治的主要原因是对病史的采集不全面，对临床症状及体征的分析不充分，未进行必要的实验室检查，对该病的治疗药物选择不准确及疗程不足等，根据以上原因应进行以下几方面防范措施。
①部分非淋菌性尿道炎患者无临床症状或部分患者不经治疗病情亦可自行缓解，当出现这些情况，则易忽视对这类患者的诊断及治疗，造成误诊误治，使疾病持续迁延及长期传染，因此应重视对性病高危人群的必要检查。对于那些无尿道炎症状及体征，但通过检查可以确认为非淋菌性尿道炎的患者应进行正规的治疗，对既往有非淋菌性尿道炎病史且未经正规治疗的患者应进行全面检查及正规的治疗。
②部分淋病患者治疗2～3周后仍有尿道炎的症状和体征，称之为淋菌后尿道炎，实际就是非淋菌性尿道炎，对于经验不足的医生易误诊为淋病反复，继续按淋病治疗。如出现上述情况，应在淋病的诊断中或治疗后进行支原体及衣原体的检查，以早期发现淋病合并有非淋菌性尿道炎感染，并进行必要的治疗。
③当非淋菌性尿道炎出现并发症时，其尿道炎的症状可不明显，而并发症的症状明显，常易单纯诊断为前列腺炎、附睾炎或关节炎，而忽略了非淋菌性尿道炎的诊断及治疗。在出现上述情况时不但要注意并发症的诊断，原发病的诊断同样重要，因此进行全面的实验室检查是十分必要的。
④在非淋菌性尿道炎正规治疗过程中常会因患者主观仍有异常感觉，以致抗生素治疗的疗程任意延长或被误认为抗生素不敏感而任意更换用药，造成体内条件致病菌感染。在出现这种情况下应注意对症状未完全消除的原因进行分析，既不能单纯地认为是治疗失败而任意更改治疗方案，也不能遗漏那些少见致病菌致病的可能。因此，在经过治疗的患者应按照本病的判愈标准进行必要检查。
⑤病原体的检测在诊断中意义重大，但用于对治疗效果的评判则敏感度有待提高。如在治疗失败的病例中治疗后2～3周应用培养法复查其病原体可能会因为病原体数量较少而出现假阴性；而在经过正规治疗症状及体征完全消失的患者，如应用PCR法检测病原体，在治疗结束后1～2周可出现假阳性。
⑥性传播疾病的治疗中均强调对性伴侣进行相应的诊治，如在对患者治疗的同时忽略了对性伴侣的诊治，很容易使患者再次感染，妨碍治疗效果的判断。因此在对性伴侣的诊治时如发现异常应及时治疗，如考虑性伴侣仍处于潜伏期则应给予预防治疗。