目前应用型课程建设时间还不长，在学生中应用的时间也不长，无论从评价方式还是评价目的上都存在着一些问题。从评价方式上而言，大多都是总结性评价，过程性评价少。总结性评价多是教师评价+同行评价+第三方评价，但个人认为只有第三方评价是有效的，并且少了“学生评价”和“同伴互评”，也就是说目前还少了对学习进程的关注。从评价目的来看，课程评价的目的不是为了给学生的学习效果进行评价，而是为了改进教与学，那课程评价也可以是课程设计和实施中的关键部分。
