初期的实验研究（1969～1970年）

之后，屠呦呦便开始进行实验研究。说是课题组，其实初期仅有屠呦呦一人，最先是配合其他“523”研究组研究，为解决具有抗疟活性的常山碱所致呕吐的副作用，寻找减毒的合适配伍中药。她选取一些有止呕功效的中药配伍常山碱，在鸽子及猫的呕吐模型上进行药理实验。但是，最好的组合也只是对鸽子的呕吐模型较为有效，对猫呕吐模型基本无效。1969年5月起，开始制备多种中药的水提取物、乙醇提取物，送请中国人民解放军军事医学科学院（以下简称“236”）进行抗疟活性筛选，至6月底送样品50余个，其中，发现胡椒提取物对鼠疟模型疟原虫抑制率达84%。1969年7月，时值疟疾流行季节，全国“523”办公室希望中研院中药所参与任务的科研人员去海南疟疾疫区现场体验实际情况，并提出可带去在上半年筛选样品中对鼠疟疟原虫抑制率较高的胡椒及辣椒加明矾做临床疗效观察。中研院中药所最后决定派屠呦呦、郎林福、余亚纲3人前往海南。

在海南疟区现场的临床验证发现，对鼠疟疟原虫抑制率达80%以上的胡椒和辣椒加明矾的多种制备样品，对疟疾患者只能改善临床症状，并不能使他们体内的疟原虫转阴。任务结束后，屠呦呦被广东省“523”办公室授予“五好队员称号”奖状。

1970年初，课题组主要还是开展对胡椒的深入研究，“236”的顾国明开始参与此项工作。当年6月以前，先后送胡椒等各种提取物和混合物4批样品给“236”进行药效测定，结果发现胡椒经分离后，不能提高效价；调节成分比例，虽能提高效价，但远不如氯喹。6月以后，扩大到龟甲、鳖甲、五灵脂、夜明砂、川草乌、阿魏、黄丹、雄黄等动植物和矿物药，有的有活性，但毒性较强。同年9月，屠呦呦与余亚纲讨论进一步扩大筛选范围，由余亚纲负责矿物和动物药筛选；屠呦呦负责植物药筛选。然而，扩大筛选工作启动后，仅仅筛选了30余个样品，其中包括课题组首次做的青蒿乙醇提取物，其疟原虫抑制率68%。由于“236”本身任务繁重，1970年秋后，难以再承担与中研院中药所合作进行抗疟药物药效筛选工作，而中药所自己又缺乏筛选模型，屠呦呦课题组的抗疟药物筛选也就搁浅了。