明清时期创立命门学说，肾藏象理论达鼎盛

明代放弃了之前“左肾右命门”观点，如虞抟认为：“夫两肾固为真元之根本，性命之所关，虽未水藏，而实为相火寓乎其中，愚意当以两肾总号命门。”张介宾则吸收周易和宋代理学思想，认为命门是人体之太极，位于两肾之中，太极动而生阳，静而生阴，其意义又较虞抟更深入、也更抽象。张介宾说：“肾两者，坎外之偶也；命门总主乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦。”“命门居两肾之中，即人身之太极，由太极以生两仪，而水火具焉。”明代另一中医学家赵献可，对命门水火的产生和功能，有更为精细独到的发挥。他说：“其右旁有一小窍，即三焦。三焦者，是其臣使之官，周流于五脏六腑之间而不息，名曰相火。其左旁有一小窍，乃真水也，亦无形，上行夹脊至脑中，为髓海，泌其津液……内注五脏六腑……潜行于周身。”至此，肾藏象理论被推到具有特殊重要性的地位。明代医家关于肾的理论有其独到之处。如发挥了肾阴肾阳对立统一、消长转化关系，在治疗上创立“阴中求阳”和“阳中求阴”，在六味地黄丸和八味丸的启发下，创制左归丸、右归丸。其次，在肾阴、肾阳并重的基础上，更强调肾阳的重要性，如赵献可说：“余有一譬焉，譬之元宵之鳌山走马灯，拜者、舞者、飞者、走者，无一不具，其中间惟是一火耳，火旺则动速，火微则动缓，火熄则寂然不动。”

肾藏象的重要性经过明代医家的发展，已成为中医学的基本认识。选择肾藏象理论作为研究的突破口，具有更为突出的示范意义。