（一）增值税

一是小微企业作为规模较小的纳税人的税负相对偏高。我国从2009年1月1日起，对小规模纳税人改按3％的税率来征收增值税，但是对于商业规模较小的纳税人来说，在流通环节存在着较高的成本费，3％的征收率对于他们来说还是偏高。

二是一般纳税人门槛过高。若年销售额达不到一定标准则一律划归为小规模纳税人，按3％的征收率缴纳增值税并不得抵扣增值税进项税额，且不能够使用增值税专用发票。

三是在一定程度上造成小微企业的资金占用。刚成立的且新认定的一般纳税人小微企业来说，国家规定该处于辅导期的小微企业要限量、限额领购和使用增值税专用发票，若发生当月需要二次领购增值税专用发票，那么在该期间新创办的小微企业实际缴纳的税款远大于按照《增值税暂行条例》计算得到的应纳税额。(https://www.daowen.com)

四是小微企业在出口退税过程中有遭受歧视的嫌疑。当前的税收政策规定，对于小规模纳税人来说其出口货物只实行出口免税而不实行出口退税。

五是增值税进项税得不到抵扣。2009年我国正式启动了生产型增值税向消费性增值税的变革，虽然国家上调了增值税额度，但是大多数小微企业却无法享受到由进项税对冲销项税的优惠。